科学家描述了一种能利用新一代测序数据来预测具有免疫原性的新抗原的新方法

  肿瘤部分是由DNA的体细胞突变引起的，体细胞突变介导细胞增殖，产生生存优势。当DNA的表达编码区发生突变时，会导致突变肽的出现，即少量新表位通过被T细胞特异性识别而诱发免疫应答。免疫识别的突变肽(新抗原)可能介导免疫治疗(免疫检查点阻断剂或肿瘤浸润淋巴细胞过继转移疗法(TILs))患者的临床益处。

  原则上，新抗原是开发癌症免疫治疗的理想靶点，可以在肿瘤中特异性表达，从而促进免疫系统清晰识别正常细胞和肿瘤细胞，限制健康组织免疫破坏驱动的毒性作用。
 

  新的抗原会被免疫系统认为是外来的，因此比自身抗原更容易引起强烈的肿瘤靶向免疫反应。与此相一致，针对新抗原的T细胞治疗可以在晚期癌症患者中诱导持久的反应；然而，对于研究人员和临床医生来说，如何准确、灵敏地识别新的可靶向抗原仍然是一大挑战。

  在这项研究中，研究人员共同努力，使用一种新的方法来优化生物信息学工具(http://www.maoyihang.com/sell/l_5/)，从而更好地识别新的肿瘤抗原。
 

  识别新肿瘤抗原的典型策略可以使用新一代测序技术来识别表达的突变等位基因，肿瘤和匹配的正常组织也将进行全外显子测序来识别肿瘤特异性突变。同时，研究人员还可以对肿瘤组织的RNA进行测序，以确定所鉴定的突变的表达水平。然后，预测算法可以根据单个患者呈递人类白细胞抗原(HLa)的可能性对突变进行分层，并通过使用匹配患者的TILs或外周血细胞来确定身体的免疫原性。这个过程是劳动密集型和时间密集型的。从最初的手术切除或肿瘤活检到确定假定的新肿瘤抗原通常需要几个月的时间。

  该领域的大多数研究人员可以使用特殊的生物信息学方法来识别新的抗原，但这将导致缺乏标准化的通用方法。此外，研究人员还没有直接比较不同方法在同一患者中敏感和准确识别真正新抗原的有效性。
 

   研究人员阐述的联盟策略可以让更多的科学家将注意力转向共享新抗原预测定义的方法。在这篇综述报告中，研究人员明确定义了免疫原性肽的典型特征，并展示了改进生物信息学方法以帮助预测哪些肿瘤突变更有可能是新抗原的机会；然而，尽管这一努力改变了科学家预测新肿瘤抗原的方式，但在后期这一领域可能还有许多新的工作要做。
 

  研究结果表明，难治性上皮肿瘤中最有效的新抗原是由类人类白细胞抗原提出的，这些新抗原指导的免疫原性特征可能需要进一步确定。类似的基于联盟的手段也可以帮助科学家进一步研究和揭示调节类和类人类白细胞抗原体内免疫原性的肽特征，从而更好地加快使用T细胞产品(http://www.maoyihang.com/invest/)和疫苗治疗性靶向新抗原的努力。

  研究表示，利用新一代测序数据克服准确快速预测新肿瘤抗原的瓶颈，可能有助于科学家以更加特异和强大的方式攻击肿瘤细胞。