为了全面分析cfDNA，研究人员旨在开发一种具有以下特征的新测定方法:在同一反应中并行分析遗传和表观遗传变化;在不牺牲灵敏度的情况下重复分析单个cfDNA样本;甲基化标记的全基因组发现。为了实现这些目标，该方法使用对原始cfDNA模板甲基化敏感的限制性内切酶，从而保留突变和甲基化信息。
研究人员通过多项测试检验了MCP的性能，证实了它在检测甲基化变化和突变方面的可靠性。为了找到HCC甲基化标记物，研究人员使用该技术从30名HCC患者和30名非HCC患者中筛选cfDNA的甲基化标记物。
共120例样本被分配到一个训练队列(60例HCC和60例非HCC)，以分析HCC液体活检检测的标记物，并建立HCC检测算法。最后，他们构建了一个包含一组用于HCC检测的遗传和表观遗传生物标志物的集成模型。在训练队列验证后，研究人员发现HCC检测模型的敏感性为93%，特异性为95%。
然后，我们使用了58例HCC病例和198例非HCC对照的单独队列来验证HCC模型的性能。该模型的敏感性和特异性分别为90%和94%。
此外，该模型应用于311例无症状乙型肝炎病毒携带者的前瞻性队列，他们的血清AFP浓度和肝脏超声正常，显示出80%的敏感性和94%的特异性。
多项试验表明，MCP在HCC筛查中是敏感和有效的，证实了其在发现和验证多组生物标志物用于肿瘤无创检测方面的潜力。此外，本研究提供了大量HCC病例和高危非HCC患者cfDNA遗传和表观遗传变化的全面数据库，可用于未来的研究。
研究人员开发了一种技术，可以对单个cfDNA样本进行多次测试，以检测或分析与突变并行的甲基化变化。值得一提的是，该技术策略并不局限于HCC的检测，也可用于其他肿瘤类型的液体活检分析。
随着早期筛查技术的进一步挖掘，市场上癌症的早期筛查手段将更加丰富、更加准确，这对国家、肿瘤患者及其家属都将大有裨益。
