2013 年7 月至2017 年4 月期间，研究人员在德克萨斯州休斯敦的Michael E. DeBakey VA 医疗中心(MEDVAMC) 内窥镜科招募了612 名符合条件的受试者，其中174 名被确认没有息肉的受试者中有134 名同意提供活检结肠粘膜。
研究人员使用食物频率问卷(FFQ) 评估了参与者过去12 个月的咖啡因摄入量和咖啡杯数。具体来说，受试者回答了诸如“过去一年中您喝咖啡的频率，普通咖啡还是无咖啡因咖啡”和“过去一年中您每天喝几杯咖啡？”等问题。总摄入量。需要注意的是，咖啡因摄入量（毫克/天）来自咖啡、热茶、冰茶等40种食物，饮食质量使用2015年健康饮食评分指数（HEI）进行评估。
受试者在手术前13 天停止服用阿司匹林、消炎药、血液稀释剂、铁或含铁维生素，并在手术前3 天停止服用糖尿病药物。在手术过程中，内镜医师会尽可能从结肠的每个部分（盲肠、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠或直肠）进行活检。还对16S rRNA 基因的V4 区进行了微生物DNA 测序，最终纳入34 名受试者的97 份粘膜样本进行分析。
研究人员根据34 名受试者每天82.9 毫克的中位数将咖啡因摄入量分为高或低。根据“5盎司咖啡的标准咖啡因含量为85毫克”，咖啡摄入量分为“2杯（16盎司）”、“2杯”和“3杯（24盎司）”。
“较低”组被发现平均摄入39.2 毫克咖啡因，而“较高”组平均摄入138.9 毫克咖啡因。不同组间的受试者特征、生活方式因素、HEI 评分和常量营养素摄入量的分布没有显着差异。然而，咖啡因摄入量较高的受试者每日维生素B2（核黄素）和维生素B6 摄入量明显较高，而咖啡摄入量较高的受试者每日维生素B2 摄入量明显较高。
然后，研究人员使用Wilcoxon 检验或Kruskal-Wallis 检验来比较细菌 多样性，即个体内细菌菌群分布的丰富度、数量和均匀度。发现咖啡因摄入量较高的受试者具有较高的alpha 多样性（Shannon指数）。细菌 多样性，或细菌群落的组成，也随着咖啡因和咖啡摄入量的不同而显着变化。
在多变量负二项式回归模型中，与咖啡因摄入量较低的人相比，咖啡因摄入量较高的人肠道中粪杆菌和Alistipes 的相对丰度较高，而丹毒的丰度相对较低。在咖啡摄入量最高（超过2 杯）的人的肠道菌群中也观察到了同样的趋势。在调整了维生素B2 的多变量分析后，丹毒梭菌的数量仍然与咖啡因摄入量呈显着负相关。此外，研究人员指出，这项初步研究无法评估咖啡中的其他益生元。
Faecalibacterium 是一种产生丁酸盐的细菌，已被证明对人体能量代谢有积极影响[3]，并具有良好的抗炎特性。 Alistipes 细菌属于拟杆菌门，对胆汁具有更强的抵抗力，可以分解蛋白质。研究表明，Alistipes 细菌与肥胖[4] 和溃疡性结肠炎[5] 的发展呈负相关。丹毒属厚壁菌门，研究表明其在脂质代谢[6]、糖耐量调节[7]、代谢相关性脂肪肝[8]等反应中起不利作用。
从这个角度来看，咖啡可能通过改善肠道微生物群有益地调节人体代谢健康，从而降低肥胖、2 型糖尿病和代谢综合征的风险。
