在最近一期《自然·方法》杂志上发表的一篇论文中，耶鲁大学和其他机构的科学家们揭示了一种复杂的细胞交流系统。这种系统允许免疫细胞对感染和癌症做出反应，并阐述了不同细胞如何利用细胞因子彼此交流以塑造机体免疫反应。
在这项研究中，科学家们采用了一种基于因果推断框架（CINEMA-OT，因果推理模型）的计算方法，以研究个体机体的免疫细胞如何对细胞因子或调节炎症的细胞释放的小型蛋白的组合产生反应。他们发现，某些细胞因子可能具有协同作用，这种协同效应能够产生独特的基因激活程序。细胞因子信号的密码就像一种语言一样指导免疫细胞。
科学家们利用CINEMA-OT并利用实验室培养的人类肺部组织进行研究，以阐明当暴露于普通感冒病毒、香烟烟雾以及同时暴露于两种之中的情况下的反应。分析结果表明，在香烟烟雾存在的情况下，单个细胞对病毒感染的反应不同，烟草烟雾抑制了很多细胞类型中的抗病毒防御机制。
由于测定细胞的过程具有一定的破坏性，追踪细胞反应具有一定的挑战性。为了解决这一问题，科学家们利用因果推断的想法开发了一种新算法，该算法能匹配实验条件下的细胞并能推断细胞对信号所产生的反应。
这项研究中使用的技术可以作为开放源供社区使用，为细胞通信提供前所未有的窗口。科学家们指出，破译细胞因子信号传导的规则可能有助于更好地理解并操控新兴免疫疗法中的免疫反应。目前CINEMA-OT可以通过研究者David van Dijk的实验室网站进行访问，他们希望这项技术在全球范围内的应用能继续揭示免疫对话的语法，从而加速科学家们在生物学和医学方面的研究发现。
总之，本文研究中，研究人员可能利用CINEMA-OT来揭示香烟烟雾的暴露抑制气道抗病毒反应背后的潜在机制，以及控制趋化因子分泌和外周免疫细胞招募的逻辑规则。这一发现对于理解免疫反应和开发新的免疫疗法具有重要的意义。
