Gabija复合物是一种由GajA和GajB蛋白组成的八聚体结构,具有抗噬菌体侵染的功能。该复合物由四个GajA蛋白和四个GajB蛋白组成,其中GajA蛋白首先形成四聚体,作为Gabija复合物核心组件;而四个GajB蛋白则以单体的形式结合在复合物的外周。
该研究通过大肠杆菌抗噬菌体侵染实验证明,单独表达GajA蛋白或GajB蛋白均无法抵抗噬菌体的入侵,而破坏GajA蛋白和GajB蛋白的相互作用界面也明显减弱了Gabija复合物的抗噬菌体功能。这表明4:4组装的GajA/B复合物在抵御噬菌体侵染中起到了至关重要的作用。
此外,研究还发现Gabija复合物具有序列特异性的DNA内切酶活性,并更倾向于选择环状DNA作为底物。其内切酶活性对核苷酸浓度的响应比单独的GajA蛋白更敏感。GajB蛋白中ATP酶结构域关键位点的突变能够解除核苷酸对于Gabija复合物DNA内切酶活性的抑制,提示GajB可作为细胞能量状态的感受器,通过响应胞内核苷酸的浓度,精确调节GajA蛋白的核酸酶活性。
基于冷冻电镜结构解析及生化实验,该研究提出了Gabija免疫系统发挥抗病毒作用的模型:在正常生理状态下,细胞内的NTP和dNTP浓度较高,抑制了Gabija复合物的核酸内切酶活性;而在噬菌体入侵、病毒DNA高强度复制和转录时,细胞内的NTP和dNTP耗竭,迅速激活Gabija复合物,该复合物首先切割环状DNA以抑制噬菌体DNA复制,进而阻断噬菌体扩增。
这项研究被Nature Communications编辑遴选为Featured Article,并作为EdIT(http://www.maoyihang.com/sell/l_25/)ors’ Highlights推荐。在该项研究投稿及修稿期间,哈佛大学Philip Kranzusch团队向bioRxiv、俄亥俄州立大学的Tianmin Fu团队向Research Square提交了预印本,分别独立报道了Gabija复合物的结构。其中,Philip Kranzusch的工作于2024年1月11日在Nature以“加速预览”的形式发表。这些工作共同揭示了Gabija系统感知噬菌体入侵的分子机制及其切割DNA底物的偏好选择,并为探索宿主抗噬菌体免疫及噬菌体免疫逃逸的“军备竞赛”提供了新的研究方向。此外,Gabija系统也有望为分子生物学工具(http://www.maoyihang.com/sell/l_5/)酶的研发提供重要的结构和生化基础。